Протипоказання та обмеження до використання
Змішування та одночасне використання ЕМ – препаратів із пестицидами не допускається. Повторний обробіток вже протруєного пестицидами посівного матеріалу забороняється. Використання ЕМ – препаратів і пестицидів повинно бути розмежовано у часі на 7-10 діб, але не менше 4-5 діб.
Не можна вносити ЕМ-бокаші (ЕМ-компост) у пристволову зону та одночасно використовувати з високими нормами хімічних добрив та хлорумісними речовинами.
Не можна обробляти саджанці або розсаду ЕМ – препаратами раніш, ніж через 3-14 діб після висадки у ірунт. ЕМ можуть, і через наявність пошкоджень кореневої системи, визнати рослину як об'єкт для харчування й ферментувати її.
Також треба, при визначенні кількості та періодичності застосування ЕМ-препаратів, брати до уваги наявність органіки у ґрунті – у деяких випадках може статися конкуренція кореневої системи рослин і ЕМ за наявні поживні речовини.
Особливості використання. ЕМ-препарати можна змішувати та одночасно використовувати з регуляторами росту природного походження, деякими біологічними препаратами та добривами (крім сильних окислювачів), при концентрації останніх до 1,5% у робочому розчині.